A keresztezést négy, egyenként 46 méter magas toronyépület szegélyezi, melyek közül kettő-kettő hídszerűen összekapcsolódik a főcsarnok üvegteteje felett. Az építkezés során 1,5 millió köbméter talajt mozgattak meg, fél millió köbméter betont, 85 ezer tonna acélt használtak fel.
Az ötszintes épület összesen 70 ezer négyzetméter területű, melyből 15 ezer négyzetméteren üzletek és vendéglátóipari egységek helyezkednek el. Itt is megtalálható a DB által nyújtott összes szolgáltatás, köztük a car sharing és a kerékpár kölcsönzés is. Hat vágány van a kelet-nyugati vonalon, amiből kettőt az S-Bahn, a többit az RE (Regional Express) szerelvények és néhány távolsági vonat fog használni. Az észak-déli alagútban 8 vágány van, öt az ICE, RE és távolsági vonatoknak, három pedig az egyelőre még nem közlekedő S-Bahnnak van fenntartva. A világos és tágas pályaudvar jól beleillik a modern kormányzati negyedbe is. A projekthez tartozott még egy állomás építése a belvárosban: a Potsdamer Platzon, Berlin új, modern városrészében épült egy földalatti, négyvágányos pályaudvar.
Az építkezés 1995. október 13-án kezdődött el. A terület megtisztításával és a korábbi pályaudvar még fennmaradt részeinek bontásával indult el a munka.

A pályaudvar belső tere

1996. április 1-jén láttak neki az alapozási munkálatoknak.
2001. május 7-én helyezték el a kelet-nyugati csarnok első elemét. Az üvegcsarnok 61 méter széles, 34 méter magas és 167 méter hosszú. Összesen 10 ezer darab üvegtáblát helyeztek el, melyek 3600 tonna összsúllyal rendelkeznek. Az üvegházhatás kivédése érdekében speciális, a káros UV sugarakat is kiszűrő réteggel látták el őket. Minden egyes tábla más-más alakú a speciális csarnoképület miatt.
2002. június 16-án átadták a kelet-nyugat irányú vonalat, így ettől a naptól kezdve a vonatok az új pályaudvaron keresztül haladtak. Július 4-én álltak meg itt először az S-Bahn szerelvények. A többi vonat csak áthaladt a pályaudvaron. A régi Stadtbahn megállót pedig elbontották. Év végén az utolsó ütem alapozási munkálatait is elkezdték és a régi vonal utolsó elemeit is elbontották. 2003-ban folytatták a B96 alagút építését és a megkezdődött a peronok burkolása.
2004-ben az alagútban elhelyezték a vasúti pályát és a nyár végén áthaladt az első szerelvény. Szeptemberben kezdték el beszerelni a 43 liftet és az 54 mozgólépcsőt.
2005-ben készülte el a főcsarnok feletti hídszerű épületrész, mely az irodatornyokat köti össze. Különleges technológiával építették meg: két-két darabban, függőleges helyzetben készült el az acélváz, majd ezt hidraulikus berendezésekkel egy-egy éjszaka alatt leengedték vízszintes helyzetbe, majd így rögzítették őket. Ebben az évben kezdődtek meg a belsőépítészeti munkák is.