Kr. e. 3. évezredben a mai Berlin helyén már földműveléssel és állattenyésztéssel foglalkoztak. Kr. e. 6. században érkeztek a vidékre a germánok. A 4. és 5. században a germánok a Felső-Rajnához vándoroltak, amelyet később Svábföldnek neveztek el. A 6. században érkeztek ide a szlávok. A szláv időszaknak 1157-ben vége lett, mikor megalapították Brandenburgot. Az első falut a Teltow területen építették fel.

Berlin a 13. század elején kereskedővárosként jött létre, több fontos kereskedelmi út haladt át rajta. Berlin neve 1244-ben fordul elő legelőször oklevelekben, egy, a Spree szomszédos szigetére épült másik telep neve (Colonia = Cölln) már 1238-ban. 1225 és 1233 között mindkét település megkapta a brandenburgi jogot. Berlinben épült fel a két település közös városháza 1307-ben és ekkor egyesült a két település. Berlin név a szláv berl (mocsár, láp) szóból származik.

1307-től a Hanza-szövetség tagja. 1380-ban a városban tűzvész pusztított, a városháza és több templom is a tűz martaléka lett. 1391-ben Berlin megkapta az önálló bíráskodás jogát, de a 15. században sokat szenvedett a junkerektől, elsősorban a Quitzow családtól. Hohenzollern Frigyes, az új fejedelmi család megalapítója (1415) véget vetett az ököljog korának; II. Frigyes pedig Cölln helyén új kastélyt épített. A 14. század közepétől a brandenburgi választófejedelmek (1440-től a Hohenzollernek) székvárosa. 1448-ban fellázadtak a berliniek, de II. Frigyes fejedelem több szabadságot biztosított a városnak, így a polgárok letették a fegyvert. 1451-ben a város ismét főváros lett, azonban le kellett mondania a szabad hanzavárosi címéről.

1544-ben a város pénzzel váltotta vissza II. Frigyestől a korábban elvett bíráskodási jogot. Joakim meghonosította a protestáns istentiszteletet (1539). 1613-ban János Zsigmond református hitre tért, ez zendülésre szolgáltatott okot. A harmincéves háborúban a gyenge falakkal körülvett városnak pénzen kellett magát a svédek támadásaitól megváltania. Lakossága akkor 10 000 főre rúgott. Frigyes Vilmos fejedelem Berlin felvirágzása idején komoly érdemeket szerzett. Csökkentette az adót, megerősítette, átalakította a Friedrichswerder és Dorothea-városrészeket, és menedékhelyet nyitott a szárnyai alá menekülő waldenseknek, hugenottáknak és németalföldi reformátusoknak. 1671-ben 50 ausztriai zsidó családnak engedélyezte a letelepedést. 1685-ben kb. 6000 hugenotta telepedett le a városban. 1700-ra a város mintegy 20%-a volt francia. A Spree-hajózáson is lendített és különösen Spandau városrész telt meg uralkodása alatt hajós néppel.

1701-től, a Porosz Királyság megalakulásától Poroszország fővárosa. A harmincéves háborúban majd a hétéves háborúban több ízben megszállták az orosz, illetve az osztrák csapatok, 1807-ben pedig Bonaparte Napóleon francia katonái. Berlin vidékén egykor vendek laktak, helyüket később német telepesek vették át. Az ikervárosok csak 1709-ben egyesültek egymással. A bajor, de különösen a luxemburgi házból való fejedelmek alatt a város fejlődése lendületet kapott. I. Frigyes porosz király 1709-ben azután a négy városrészt egy egésszé egyesítette. Ő alapította továbbá a Friedrich-városrészt, a Zeughaust és számos tudóst, művészt hívott meg udvarába. 1699-ben és 1700-ban elindította a szépművészetek és tudományok akadémiájának építését. I. Frigyes Vilmos leromboltatta a várfalakat, az őrséget ellenben 14 265 főre emelte, míg a lakosság fennmaradó része 58 800 fő volt. II. (Nagy) Frigyes számos külföldi iparost telepített Berlinbe, az állatkertet gyönyörű parkká alakította át, a katonaság számára pedig kaszárnyákat épített. A városi közigazgatást az 1747. évi rendelettel rendezte. A hétéves háború elején, 1757-ben Hadik András vezérlete alatt magyar huszárok sarcolták meg a várost; 1760-ban pedig az oroszok, akik nagy összegű hadisarcot követeltek. A század vége felé a kereskedelmi és iparos osztály tért kezdett foglalni a tisztviselői és katonai elemekkel szemben. Míg 1707-ben csak 55 000 lakosa volt a városnak, 1800-ban azok száma már 172 132-re emelkedett. 1806 októberében a franciák szállták meg Berlint, és e sarcolással egybekapcsolt megszállás 1808. decemberig tartott.

Brandenburgi kapu 1832-ben

A napóleoni háborúk lezajlása után Berlin a haladás és jólét útjára lépett. A város a porosz királyság és a német birodalom fővárosa, a porosz király és a német császár székvárosa, valamint a német birodalmi hatóságok legnagyobb részének székhelye volt. III. Frigyes Vilmos megalapította az egyetemet (1809), amelyhez elsőrangú tudósokat nevezett ki és az ő parancsára építette Schinkel a régi múzeumot. IV. Frigyes Vilmos az új múzeumot létesítette. 1838-ban épült az első vasút. 1848. március 18-án vette kezdetét a szabadságharc, melyet azonban itt is rövid idő alatt levertek. 1860 óta az északi külvárosokban nagy gyárak épültek, 1871-ben pedig Berlin a német császárságnak fő- és székvárosa lett és azóta páratlan gyorsasággal növekedett világvárossá. Tisztaságra és példás rendre nézve egy város sem múlta felül.

Noha több, nagyobb és központibb helyen fekvő riválisa is pályázhatott volna a német főváros címére (Frankfurt, München, Bécs), miután 1870-ben a német egység porosz vezetéssel jött létre, az új birodalmi főváros Berlin lett, majd az maradt a császárság bukása, és a Weimari Köztársaság megalakulása után is. 1934-ben a nemzetiszocialisták átalakították a közigazgatást, ekkor megszűnt Poroszország, és létrejött Berlin gau (körzet). A háború előtt és alatt Adolf Hitler és építésze, Albert Speer elkészítették a Berlin helyén felépülő új főváros, Germania terveit.

A második világháború alatt összesen 450.000 tonna bombát dobtak le a városra, mely súlyos károkat szenvedett. Mivel a szövetségesek Jaltában (1945. február) találkozási vonalukat az Elba folyó mentén határozták meg, a város a szovjet hadsereg hadműveleti övezetébe esett. Ennek ellenére 1945 tavaszán valóságos versenyfutás alakult ki a szovjetek és a nyugati szövetségesek (főleg Bradley és Montgomery) között a város elfoglalásáért. A 1945-ben Zsukov és Konyev marsall csapatai (I. Belorusz front és I. Ukrán front) bekerítő hadművelettel körülzárták a várost – döntően azért, hogy a szövetségesek ne férhessenek hozzá, majd több hetes ostrom után május 2-án elfoglalták. A harcok alatt a város jelentős része megsemmisült, 1,5 millió lakos vált hajléktalanná, az ellátás katasztrofális volt.

1945 júniusától kezdve a rommá lőtt város négyhatalmi megszállás alatt állt. A Német Szövetségi Köztársaság megalakulása (1949) után az amerikai, brit és francia szektorokból alakult meg Nyugat-Berlin. Míg az újonnan alakult Német Szövetségi Köztársaság az ideiglenességet hangsúlyozandó nem egy nagyvárost, hanem egy kis fürdővárost, Bonnt tette fővárosává, a szovjet megszállási szektor a Német Demokratikus Köztársaság fővárosa lett.

A berlini fal

1948-ban a szovjetek megszakították Nyugat-Berlin szárazföldi közlekedési kapcsolatait a nyugati országrésszel (berlini blokád), de az angolok és az amerikaiak légihidat szervezve majd egy éven át ellátták a várost (1949. május 11-éig).

A rossz ellátás, a nehezedő munkakörülmények és a fokozódó diktatúra eredményeként a város keleti részében, a szovjet megszállási övezetben, a Karl-Marx-Alleet építő munkások indították útnak a keleti blokk első nagyobb szovjetellenes, illetve antikommunista felkelése 1953. június 17-én. A megmozdulásra válaszul a szovjetek harckocsikat vezényeltek Kelet-Berlin utcáira, majd géppuskákkal lőttek a tömegbe. Az eredmény: 55 halálos áldozat, további 18 ismeretlen okokból hunyt el. Utána még további 34 személy vesztette életét a harcokban, szovjet katonák, demonstrálók, rendőrök vegyesen. Az NDK által 1961. augusztus 13-ától létesített Berlini Fal illetve elválasztó zóna a hidegháború egyik szimbólumává vált. Az NDK szigorú határellenőrzést tartott fenn. A Kelet-Berlinből a nyugati városrészbe való átszökési kísérletek megakadályozása számos halálos áldozatot követelt, a határőröknek az NDK törvényei értelmében tűzparancsuk volt.

1968-tól Nyugat-Berlin a diákfelkelés központja lett. A Szabad Egyetem diákjai felkeltek a kormány ellen. A gyülekezőhely a Kochstraße-n volt. A diákok és a rendőrök hamar szembekerültek egymással.

1972-ben a két német állam által is jóváhagyott négyhatalmi szerződésben rögzítették, hogy Nyugat-Berlin nem az NSZK része, bár „különleges kapcsolatok fűzik hozzá”. A városrész közúti és vasúti kapcsolatait az NSZK-val mindvégig biztosították.

Az 1970-es évek elején terroristák fenyegették a város nyugati részét. 1974. november 10-én a Törvényszék vezetőjét, Günter von Drenkmann-t megölték és 1975-ben a berlini CDU elnökét, Peter Lorenz-t elrabolták.

A 70-es évek végén megnövekedett Nyugat-Berlinben az illegális házfoglalások száma. 1981 júliusában érte el a tetőpontját. Ekkor 165 illegális házfoglalásról tudottak. 1984 novemberéig a legtöbben megvették, bérelték a lakásokat, így legálissá vált tartózkodásuk. 1980 decemberében azonban néhány házfoglalóhoz rendőröket hívtak.

A két német állam egyesítésével a megosztottság megszűnt. 1990. december 2-án szabad választásokat tartottak. Berlin 1991 óta Németország fővárosa, az állami hivatalok Bonnból fokozatosan visszatelepültek a városba. 1999. szeptember 7-én a Bundestag, 2000. szeptember 29-én pedig a Bundesrat is visszaköltözött a városba.