A v�ros k�zpontja a Spree foly� partj�n fekszik, az �n. Vars�-Berlin-�sfolyamv�lgyben. A foly� kelet-nyugati ir�nyban folyik �t a v�roson, a belv�rosban k�t �gra oszlik �s szigetet k�pez (M�zeum-sziget). Ezenk�v�l �tszeli a v�rost a Landwehr-, a Lujza- �s a berlin-spandaui haj�z�si csatorna, amelyeken 50-n�l t�bb h�d �vel �t. E hidak k�z�l a legszebb a Schlossbr�cke (48 m hossz�), amelyet 1822–1824 k�z�tt Schinkel tervei szerint �p�tettek; sz�leit n�gy-n�gy, a katonai �letet �br�zol� m�rv�ny szoborcsoport �kes�ti. Jelent�sebb hidak m�g: a Kurf�rst h�d, a nagy v�laszt�fejedelem �rcb�l �nt�tt lovasszobr�val; a Vilmos cs�sz�r h�dja, a 4 m�rv�ny szoborcsoporttal �kes�tett Belle-Alliance h�d �s a Herkules h�d.

A v�ros nyugati r�sz�n, a Spandau nev� v�rosr�szben a Spree a Havel foly�ba torkollik, mely a v�ros nyugati r�sz�t �szak-d�li ir�nyban szeli �t �s Sz�sz-Anhalt tartom�ny ter�let�n v�g�l az Elb�ba �mlik. A foly�k ment�n Berlin ter�let�n nagy tavak tal�lhat�k, melyek egyr�szt a Havelb�l (p�ld�ul Gro�er Wannsee, Tegeler See), m�sr�szt a Spree-b�l (Gro�er M�ggelsee) t�pl�lkoznak. A nagy tavakon k�v�l Berlinben sz�mos kisebb t� fekszik, melyek a nagyobb tavak mellett ny�ron n�pszer� kir�ndul�helyek (p�ld�ul Krumme Lanke, Schlachtensee).

A v�ros legmagasabb pontjai a Gro�er M�ggelberg (115,4 m) Treptow-K�penick v�rosr�szben, a Teufelsberg (114,7 m) Charlottenburg-Wilmersdorf v�rosr�szben �s az Ahrensfeldi hegyek (112,1 m) Marzahn-Hellersdorfban. A Teufelsberg nem term�szetes domb, hanem a II. vil�gh�bor� romjainak �sszehord�s�val keletkezett. Az ilyen „rom-hegyek” (n�met�l: Tr�mmerberg) minden n�met v�rosban megtal�lhat�k, melyek komolyabb h�bor�s k�rokat szenvedtek el (Berlinben t�bb is van).